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妹山は吉野川の右岸に面し、旧伊勢街道と東熊野街道の分岐点にある、標高249mのこんもりとした山で、黒雲母・絹雲母千枚岩・石英片岩などの石からなり、全山照葉樹の原生林におおわれています。 この樹叢は1928（昭和3）年3月、国の天然記念物の指定を受けました。 0．5m以上の厚さに腐植土が堆積しており、ツルマンリョウ、ルリミノキ、テンダイウヤク、ナガバジュズネノキ、ホンゴウソウ、ホングウシダなど珍しい暖地性植物が群落を形成。遠く屋久島方面の植物さえ混在しており、西日本の特殊暖帯林として珍重されています。 現在、人工林の多い吉野地方に、こうした貴重な林相がいまに伝わったのは、859（貞観元）年以前に大名持神社が南のふもとにまつられてから、妹山が周辺地城の人々の崇敬をあつめた“忌み山”として入山を禁止されてきたため。 今日でもこの伝統は大切こ守られており、その自然を後世に伝えていく努力が続けられています。祭神は大物主神の荒魂。大名持神です。また、妹山は対岸にある背山とともに、雛鳥と久我之肋の悲恋として名高い浄瑠璃や歌舞伎の“妹背山婦女庭訓”で知られています。